機管局的工程顧問報告顯示，第三條跑道若如期在2023年啟用，到2030年航班升降量，會較07年增加一倍，屆時空氣污染物排放，亦會增加一倍，跑道的填海工程亦會影響中華白海豚的棲息。報告建議減少航班數目，加強內地與本港減排協議內的區域減排措施，設立人造魚礁及海豚管制區等，減低工程影響。中大航空政策研究中心副主任羅祥國，及立法會經濟發展事務委員會成員李華明都認為，政府必須拿出誠意，切實解決第三條跑道帶來的環境問題，否則難以得到市民支持。地球之友指，計及五年後通車的港珠澳大橋交通流量，環境污染問題更嚴重，促請機管局投放資源，減低污染物排放。