為配合今日馬拉松，運輸署有多項特別交通及公共運輸安排。西隧通往香港方向的管道，凌晨十二時四十五分起封閉，東區走廊由凌晨二時起有封路措施。港九新界多處亦會分階段封路。部份港鐵路線由凌晨三時許開出頭班車，方便跑手參賽；另外有六條特別巴士線，分別由大埔，屯門，天水圍及鴨脷洲等，前往維園。