多個環保團體，包括綠色力量、世界自然基金會香港分會、長春社等，關注政府有意大規模發展東涌，促請當局保育東涌河流、以及東涌灣海岸地區的生態環境。環保團體在有關地區，進行生態調查，指當地有較高生態景觀價值，及多元化物種，例如有“北江光唇魚”，以及一些罕有的雀鳥品種。團體要求，政府禁止在東涌河和東涌灣，進行土木工程和填海，亦期望政府，若要發展，需先探討有關地區的生態價值，找到容許發展的地方，才進行工程的可行性研究。