神舟九號飛船與天宮一號太空實驗室，在中午十二時四十八分，以人手交會對接。北京航天飛行控制中心在十二時四十一分，在兩者相距約一百米時，發出手控交會對接的指令，並在七分鐘後，順利交會對接。

神九是在早上十一時零八分，按指令和天宮一號先分離到相距約一百四十米，再後撤到約四百米，之後神九往前到約一百四十米，再以手控交會對接。航天員早上五時已起床，比平時早兩小時，接受醫學檢驗，之後進行一系列檢查。