新一輪的國務院機構改革，解散鐵道部，並成立「中國鐵路總公司」，內地火車票價將會走向市場化。對於來往中港的跨境鐵路票價會否受影響，港鐵表示，釐定票價，需要本港和內地合作單位雙方磋商及同意。但有本港經濟學者認為，內地鐵路將要爭取利潤最大化，加票價無可避免，就算不符合港鐵意願，跨境鐵路票價亦會跟隨。亦有內地經濟學家認為，內地社會貧富兩極化嚴重，火車票未必會整體加價，但可能會推出收費以萬元計的豪華艙，以至奢侈服務，吸引富裕階層，或只在旺季加價。