審計署關注，部份學券計劃下的幼稚園收取過多雜費，個別幼稚園雜費收入，相當於學費收入的兩成四至四成四，有幼稚園把雜費收入撥入「其他營運收入」項目，以避過利潤上限的規管，令教育局無從查核有關的雜費水平是否合理。教育局亦發現，在10/11 學年約有一百二十所學券制幼稚園，就售賣自選教育用品和提供收費服務所賺取的款項，超過利潤上限。審計署又發現，學券制提供給幼稚園的培訓津貼，在11/12 學年終止，但至今仍有百分之二的校長及一成四的教師，未完成培訓。審計署建議，當局制定明確指引，加強監管及披露學券制幼稚園的利潤及雜費詳情，及監察培訓津貼使用情況。教育局表示會跟進建議，並已成立免費幼稚園教育委員會，研究幼稚園教育各項改善方案。