南丫島海難調查報告指，海事處在南丫海難後，承認在審批圖則、驗船、以及執行救生設備標準等多方面有需要改善。海事處正檢討，規定船上兒童救生衣的比例，由現時百分之五，提升百分之八至一成，或船隻需確保救生衣數量足夠供應每程船的兒童。當局又考慮規定船上必須配備手鎚、甚高頻無線電和船舶自動識別系統，以及客船需制定緊急事故的應變部署表。不過，海事處反對專家建議，將海事意外調查及船舶保安政策部脫離海事處，認為現有機制已確保海事意外調查可獨立進行。