台灣不滿菲律賓就射殺漁民事件的回應，派出現役最大的紀德級驅逐艦，清晨駛越台菲暫定執法線北緯20度海域，聯同其他軍艦及海巡署艦艇，早上駛到「廣大興28號」漁船被攻擊的海域，進行聯合演習，展現護漁決心，空軍戰機及預警機亦在場支援。由台灣的外交部和法務部等組成的十七人調查小組，早上出發前往馬尼拉，與菲律賓人員共同組成聯合調查組，查問開槍的公務人員、檢驗證物，可能會對涉案人士進行測謊，並要求菲律賓將疑犯交由台灣審判。另外，台灣傳媒報道，陸委會主委王郁琦曾透過渠道，向大陸方面表達希望對方不要插手，避免令事件更加複雜。