漁民被殺事件令台灣及菲律賓關係持續緊張，有在菲律賓讀書的台灣學生說，受到當地人威嚇，出門時要扮日本人自保。菲律賓政府就說，正查証有菲律賓工人在台灣受到滋擾及襲擊的報告。有菲律賓國會議員要求政府，準備由台灣撤走菲律賓人。消息指，總統阿基諾三世已下令設立工作組。曾到台灣表達歉意的馬尼拉經濟文化辦事處主席裴瑞茲說，台灣希望阿基諾三世就漁民被殺事件親自寫道歉信，但做法有違菲律賓的一個中國政策。他又指一中政策，以及台灣調查團將事件指為謀殺，令情況變得複雜。菲律賓會等台灣冷靜下來再作處理。他又指，馬尼拉經濟文化辦事處與台灣的外交部保持聯繫。菲律賓司法部亦正研究台灣提出，聯合調查事件的要求。