運輸及房屋局表示，截至去年底，廣深港高鐵承建商，已獲解決的申索共九十七宗，並獲港鐵公司發放約十億四千九百萬元，佔批出合約總額百分之2.34。港鐵正審慎處理尚未解決的個案。而高鐵總站北的工程，由於承建商指出，在地基及地盤平整工程，遇到未能預計的地質情況，而受到影響，港鐵正和承建商商討措施克服問題，以期恢復目標進度。當局表示，根據現時估算，項目的應急費用，足以應付申索。立法會交通事務委員會副主席范國威認為，十億元的申索額並非小數目，質疑港鐵低估工程難度，擔心工程延誤，最終會令高鐵項目超支。但專業教育學院建造工程系系主任陳子明認為，香港屬於密集的城市，挖掘隧道工程往往會遇到未能預期的困難，認為申索佔合約批出總額低於百分之三，是可以接受。