運輸及房屋局局長張炳良承認，高鐵西九龍總站工程遇上未能預計的地質情況，影響施工。當局解釋，施工地點的地質出現變化，部分石層比預期中厚，打石工序亦因此延長。截至去年底，承建商向政府申索五十六億，轉換機器及聘請額外人手以處理這類較複雜的情況。張炳良表示，項目原先預留的應急費足夠應付有關開支，至今已批出十億四千九百萬，有信心工程不會超支。社民連梁國雄批評，政府及港鐵事前未做好勘察工作，承建商申索卻要由市民承擔。工程界盧偉國就認為，大型工程遇上複雜情況而要申索是常見的事，但希望當局詳細交代地質變化如何影響開支。