海事處處長廖漢波，在立法會一個委員會上表示，對南丫海難感到痛心難過，作為部門首長他深表歉意，他衷心向死難者家屬、傷者和市民道歉。運輸及房屋局局長張炳良表示，為了確保南丫海難中海事處內部調查的客觀和公正性，調查現時會由運輸及房屋局直接負責，由局方的常任秘書長主持，強調當局會嚴肅處理。張炳良重申，對今次的不幸事故深感難過，政府責無旁貸，他向市民和死難者家屬再次道歉。