海事處處長廖漢波，在立法會一個委員會上表示，對南丫海難感到痛心難過，作為部門首長他深表歉意，他衷心向死難者家屬、傷者和市民道歉。多名議員批評，處長現時才道歉是太遲，又質疑他只是在各方壓力下才道歉，難以平息家屬和市民的憤怒，不過，亦有議員認為「遲到好過無到」。運輸及房屋局局長張炳良表示，為了確保海事處內部調查的客觀和公正性，調查現時會由運輸及房屋局直接負責，由局方的常任秘書長作主持，他強調當局會嚴肅處理。有議員擔心當局會官官相衛，要求就海事處人員的責任問題有一個獨立的調查。