海事處長廖漢波表示，對南丫海難事故感到痛心難過，作為部門首長他深表歉意，他衷心向死難者家屬、傷者和市民道歉。公民黨陳家洛提出，處長是否需要經過批准，以決定是否和何時道歉，廖漢波回應說，就道歉方面，他要考慮各方可能產生的問題及徵詢法律意見。多名議員評批，現時才道歉太遲，又質疑他只是在各方壓力下才道歉。運輸及房屋局局長張炳良表示，為了確保海事處內部調查的客觀和公正性，調查現時會由運輸及房屋局直接負責，由局方的常任秘書長作主持，他強調會嚴肅處理。有議員擔心當局會官官相衛，要求進行獨立調查。張炳良說，希望外界有信心，又預計內部調查在數月內會完成，但是否公開調查結果則要視乎情況，因為可能涉及法律問題，要小心處理。