有報道指古洞北未來新市鎮地底，有重金屬「砷」，但新界東北工程環評報告，就剔走毒性嚴重超標的樣本。土木工程拓展署回應指，在四百三十多個土壤樣本中，只有三個土壤樣本，每公斤含「砷」濃度超出一千毫克，而樣本都在地面以下十米深處發現，因此出現有人吸入高濃度含砷的微塵，機會極低。署方指，古洞北土地所含的砷，是天然存在，有關部門作出評估後認為，不會對公眾健康構成不良的影響。漁護署檢測區內的溪水、井水、生產的蔬菜和塘魚樣本，亦未發現樣本有異常的砷含量。水務署亦指，現時的古洞北居民從食物和食水中吸取砷的機會甚低。