上海自由貿易試驗區總體方案提出，會實施促進投資的稅收政策。區內生產企業進口的機器及設備可免稅，企業原則上不受地域限制，可到區外再投資或開展業務，但產品要按章繳交進口增值稅及消費稅，才可通過「二線」內銷。企業或個人股東，資產增值部分的所得稅，可以在五年內分期繳納。另外亦簡化貨物報關，區內企業憑進口艙單，貨物可直接入區，亦會簡化國際中轉。港區人大代表、前理工大學會計及金融學院副教授劉佩瓊認為，上海自貿區將政府規章制度及行政管理簡化，稅收限制亦少了，便利營商，可吸引外企到內地開展業務，長遠對香港有影響，但因在試驗階段，暫時對香港的影響不大。