上海自由貿易試驗區總體方案提出，會實施促進投資的稅收政策。區內生產企業進口的機器及設備可免稅，企業原則上不受地域限制，可到區外再投資或開展業務，但產品要按章繳交進口增值稅及消費稅，才可通過「二線」內銷。企業或個人股東，資產增值部分的所得稅，可以在五年內分期繳納。中國海關總署表示，為配合上海自貿試驗區發展，會實施便利化措施，包括改革現行海關特殊監管區域一線，進境貨物「先申報，後進區」的監管模式，容許區內企業「先進區，再申報」，滿足企業對貨物快速放行的需求，以往海關憑進境備案清單放行，在自貿區內將創新為憑貨物艙單放行，再辦理報關手續，預計可以減少六成左右的通關時間。