發展局說，蓮塘/香園圍口岸工程將超支八十五億五千萬元，令工程費用增至二百四十八億三百二十萬元，當局明年二月將向立法會財務委員會申請撥款。發展局解釋，由於工程價格飆升，導致工程的投標價比去年估算高。另外，計劃興建的龍山隧道，岩土勘探結果顯示岩土狀況比預期差，其中有地段出現多個斷層，鑽挖時要進行大規模臨時工程，增加施工風險，加劇鑽挖機損耗，投標者對工程施工限制的風險評估較預期高，令工程費用進一步增加。當局又預留六十八億四百二十萬元，作為價格調整的準備，表示款額是根據最新工程費用、現金流量，以及今年十月最新價格調整因素釐定。