發展局說，蓮塘/香園圍口岸工程將超支八十五億五千萬元，令工程費用增至二百四十八億三百二十萬元，當局明年二月將向立法會財務委員會申請撥款。發展局解釋，由於工程價格飆升，導致工程的投標價比去年估算高。另外，計劃興建的龍山隧道，岩土勘探結果顯示岩土狀況比預期差，其中有地段出現多個斷層，鑽挖時要進行大規模臨時工程，增加施工風險，投標者對工程施工限制的風險評估較預期高，令工程費用進一步增加。當局又承認，去年向立法會申請撥款時，龍山隧道的地質勘探工作，因為要和私人土地的業權人協商和天氣惡劣，尚未完成，但強調當時已完成超過七成工作，有信心地質狀況不會影響設計。發言人指，日後工程會研究加快勘探，如果市況變化不大，有信心可如期在新預算內，完成工程。