發展局最新預算顯示，蓮塘/香園圍口岸工程將超支八十五億五千萬元，令工程費用增至二百四十八億三百二十萬元，增幅達五成三。發展局解釋，由於工程價格飆升，隧道工程岩土狀況比預期差，以及投標者對工程施工限制的風險評估較預期高，令工程費用增加。當局承認，去年向立法會申請撥款時，隧道工程的地質勘探工作，尚未完成。發言人指，日後工程會研究加快勘探，期望可盡快完成程序和覆檢結果。立法會工務小組委員會主席盧偉國相信，今次發現的地質問題比一般工程複雜，才會出現較大偏差，認為可以理解。理大土木及環境工程系副教授熊永達認為，當局急於為工程申請撥款，以致估算粗略，建議當局日後分階段為工程申請撥款。