發展局建議， 將蓮塘/香園圍口岸和相關工程的預算費，由約162.5億元增至約244.5億元 。發展局曾在本年初建議預算費增至約248億，不過大部分立法會發展委員會成員反對，並且建議延後工程避開建築高峰期。發展局表示，由於延後工程的三個方案，支出會更大，而工程的四份合約的標價已落實，其他未招標的兩份工程合約只佔預算小部分，基本預算和工程應急費沒有再下調空間，所以只在價格調整的準備中，減少約三億五千萬。
發展局早前曾表示，由於工程價格颷升，以及隧道工程岩土狀況差劣，需要增加預算。