發展局建議， 蓮塘/香園圍口岸和相關工程的預算費，由約162.5億元增至約244.5億元 。發展局曾在本年初建議預算費增至約248億，不過大部分立法會發展委員會成員反對，並且建議延後工程避開建築高峰期。發展局表示，工程四份合約的標價已落實，其他未招標的兩份工程合約只佔預算小部分，基本預算和工程應急費沒有再下調空間，如果延後工程，研究得出的三個方案，支出更會增加30至80億，所以在今次的追加撥款中，只在價格調整準備的項目中，減少約三億五千萬。發展局形容追加撥款是「減無可減、延遲無益」，指交通基建工程的規格，例如路面的寬度、隧道的大小是不能更改，工程費用沒有辦法再減，呼籲議員支持。
發展局早前曾表示，由於工程價格颷升，以及隧道工程岩土狀況差劣，需要增加預算。