政府向立法會提交的文件表示，高鐵項目非常複雜，港鐵仍未能提供詳細工作計劃，因此路政署至今未能評估高鐵能否在二零一六年底完工。路政署相信，高鐵延誤有多項原因，當中主因是地質情況不利，影響鑽挖、鑽爆及挖掘等工程，其他原因包括承建商的資源、工藝及工作流程問題，工序之間的銜接及承建商的統籌問題、以及惡劣天氣等。政府指，大型土木工程出現滯後不罕見，港鐵在推展高鐵項目期間，曾在不同時間亦遇到引致工程滯後的事，港鐵有進行緩解措施去彌補，並多番保證能如期完工，直至上月才緊急通知政府。
政府又表示，已預留五十四億為高鐵香港段項目應急，截至三月底，還剩餘約三十七億，而政府支付給港鐵公司項目管理費會維持於約四十六億，不會增加。政府已再度要求港鐵，盡量減少延誤和將任何額外開支控制於核准預算內。