港鐵提交立法會的文件顯示，政府早於去年八月，已知道廣深港高鐵香港段的工程，進度可能出現問題。文件指，去年六月，項目策劃團隊已經留意到，高鐵只可以如期在2015年局部通車，未能全面開通。兩個月後，監督工程的路政署長已經關注，工程規劃進度和實際進度有差異，特別是西九龍總站工程的進度。到去年十一月，港鐵高層才告知運輸及房屋局，只可以在2015年局部通車，局方當時已表明不贊同局部通車的概念，但仍在之後的立法會鐵路事宜小組委員會上，表示工程可在2015年完工。

港鐵亦承認，工程團隊對追回工程進度太有信心，工程總監周大滄早於去年二月已經向審核委員會報告，隧道工程有重大延誤，但進度仍然良好，一個月後，項目團隊指西九龍總站及跨境段兩份合約，明顯落後，但周大滄仍確認所有項目可如期完成。直至今年三月一場黑色暴雨，總站承建商表明要到2017年才能完工，周大滄才表示，要重新評估整個項目。到上個月，周大滄才向港鐵執行總監匯報，工程多份合約嚴重延誤，並初步估算開支預算六百八十四億元，比預算多出三十四億元。