機管局第三跑道的環評報告指，工程對中華白海豚的影響程度屬中等。機管局建築工程環保事務總經理李仲騰，在一個座談會表示，報告在保護海洋生態方面，建議以免挖方法進行拓地，亦會在海床下鑽挖航油管道，減低影響，報告又建議建立一個二千四百公頃的海岸公園，連接現有的沙洲、龍鼓洲海岸公園，以及計劃中的大小磨刀海岸公園，屆時海洋保護區會面積超過五千一百公頃。為機管局做有關報告的顧問公司代表指，機場北面和西面水域錄得的海豚密度較其他水域低，並非海豚覓食和社交重地，填海影響較小。
香港海豚保育學會會長洪家耀指，有關海域是海豚重要的移動走廊，又批評報告未有詳細研究海豚的晚間活動。