深圳灣口岸，在九月初實施全新過關措施， 粵港貨運大聯盟批評新系統，運作未成熟，經常有資料遺失，導致有貨運車過關時被無辜扣查。至於文錦渡和皇崗口岸，通關和查車過程緩慢，平均需時六小時，無載貨的貨車亦要等三小時。大聯盟指，各口岸通關緩慢，令貨主、廠商及司機蒙受損失，指司機有如被精神虐待，要求深圳海關盡快和業界開會，完善通關程序。