深圳灣口岸，在九月初實施全新過關措施，粵港貨運大聯盟批評，新系統將簡單複雜化，運輸公司要輸入大量資料，現有人手難以應付，另外，新舊系統交接後，有資料遺失，導致有貨車過關時被扣查，有運輸膠粒到內地的貨車司機表示，車輛被深圳海關拒絕進入，但由於已通過深圳邊防，亦未能返回香港，貨車已滯留在深圳灣十日，感到無助。
大聯盟又指，不少司機因此轉用文錦渡和皇崗口岸，令已繁忙的口岸通關和查車過程更緩慢。大聯盟指，十一國慶及聖誕前後，是貨運繁忙高峯期，擔心十一月系統擴展至所有口岸，情況會進一步惡化。大聯盟指，星期一會和深圳海關開會，要求完善通關程序。