審計報告審核民航處航空服務管理及採購工作，指處方需要向使用本港空域的飛機收取每海里4.8元的過境導航費，但民航處從未檢視執行成效，確保收費水平能收回成本，而拖欠費用的金額亦在零九至一零年度開始增加。民航處又在九六年耗資約一億元採購精密跑道監察雷達，協助機場兩條跑道以獨立混合起降模式運作。不過報告發現，民航處採購時已得知系統未能支援相關起降模式，但認為日後技術會革新而堅持採購。但預期的技術革新並未出現，雷達改為其他用途，最終在零五年轉為備用模式。

報告又批評民航處新總部內，處長辦公室，洗手間及淋浴設施，以及意外調查員的休息室，都偏離核准面積的情況。處方又未得到產業檢審委員會事先批准，把原計劃用作教育徑觀景廊的地方改為會議及康樂用途的多用途室，亦在未得到財經事務及庫務局事先批准，就採購價值6,745萬元的保安及電子系統。