兩岸關係一直左右台灣選舉，北京透過各種政策，希望更多台灣民眾支持國民黨的兩黨政策，包括購買台灣農產品、開放大陸旅客到台灣觀光，甚至在2012年總統選舉，推出優惠機票，促使三十萬台商返台投票，支持馬英九。但台灣政治大學國家發展研究所所長童振源說，周末舉行的九合一選舉，國民黨支持度大幅落後，北京不敢高調支持國民黨，相信今次專程回台灣投票的台商只有三四萬人，不足以影響選情。
大陸委員會前副主委鄭安國指，如果國民黨在選舉大敗，民進黨將在立法院加緊阻撓「兩岸協議監督條例」和「服務貿易協議」，衝擊兩岸關係。如果藍營輸了根據地台北市和台中市，影響將更大。