政府估計，建造蓮塘／香園圍香港境內口岸建築和設施，費用會達到八十八億一千一百九十萬元，預計每年經常性開支大約是七億一千萬元，將會在明年年初向立法會申請撥款。當局表示，早前已訂下目標，計劃在明年年初展開工程，但由於時間所限，當局在立法會發展事務委員會未及討論下，就已經在八月就工程招標，並在十月截標，現正審標，預料可於二零一八年完工。
當局向立法會提交文件指，相關的款項會用作興建清關、貨物處理、運輸、辦公等設施，並會實施環境緩解措施，包括進行花卉樹木種植和綠化屋頂工程。