中央電視台發現，由於企業排放污水，以及養殖場濫用抗生素，內地多條河流及自來水都驗出抗生素。中央台委託專家，在全國多處收集水樣本，發現珠江、長江入海口等主要河流都驗出抗生素，其中在珠江廣州段的污染非常嚴重，驗出紅黴素、羅紅黴素等九種常用抗生素，濃度是歐美等國家的三至四倍。在南京一個民居的自來水樣本，亦驗出抗生素。在全國四大抗生素生產地之一的山東魯抗醫藥，非法排放的污水中，抗生素濃度超標一萬倍。專家表示，長時間攝入抗生素，會產生抗藥性。另外，南京部分養鴨人被揭發濫用抗生素， 動物檢疫形同虛設。
調查在10月底至11月初進行，研究人員到東北、華東及華北等地，在飲用水源、河流、養殖場周邊取樣本化驗。