有環保團體發表報告，指第三條跑道未解決空域問題，會令新跑道效率大打折扣。環保觸覺和機場發展關注網絡，整合香港、澳門和深圳三地機場的航道資料，指當局的顧問報告提出第三條跑道的「緊急復飛」航道，與澳門及深圳機場的常用降落航道重疊，部分航道的垂直距離，少於國際安全標準的一千呎，認為港府必須跟兩地商議出讓空域，才可讓航機升降。他們認為，空域問題難未解決之前，耗資二千億元的第三條跑道不應上馬。
前民航處長林光宇同意講法，認為目前三地機場空域已很繁忙，要解決航道問題相當困難，擔心若未能解決空域問題，新跑道會淪為「白象」建設。