對於香港大學遴選副校長過程，被指受到政府干預，行政會議召集人林煥光回應說，香港的大學都有悠久傳統，有充分學術自由、人事任命自主權，各界應捍衛和尊重院校自主權，將人事任命留待大學按既有系統和做法決定，不受外界干擾。他身為行會召集人，從來沒聽過行會干預院校自主的言論。
對於政改方案將交由立法會表決，他認為立法會七十位議員，不應該單從個人意願出發，必須仔細聽取港人意見，小心考慮政改下一步是否應該走，亦要詳細了解《基本法》和人大就政改作出的決定。