審計報告表示，水費自1996年起沒有作出調整，而水務經營帳目過去十六年一直錄得虧損，關注水務署一直未能達致目標回報率，而水費收費基準亦未能做到鼓勵節約用水效果，建議檢討水費時，應按合理回報原則釐定商業水費，住宅水費應以收回成本為基礎；而用水量達最高級別的住宅用戶，收費率應以生產成本貴四成釐定。水務署表示，去年開始進行水費檢討，會考慮審計報告的建議。
另外，審計報告又發現，水務署減少用水措施欠缺成效，在四百二十一幢加裝節水裝置的政府建築物及學校中，接近三成的用水量不降反升， 其中青衣北抽水站的用水量是之前的四十倍；十一個推行節約用水的康文署場地，其中四個場地的用水量較三年前增加 5% 至 63%不等，建議查明用水增加原因，採取補救措施。