台北市政府廉政委員會一致通過決議，指台北市政府零六年提出興建大巨蛋體育館項目，時任市長的現任總統馬英九，及台北市前財政局長李述德，涉嫌違法圖利，建議市政府將兩人移送法務部依法處置。法務部回應指，未收到文件，特偵組若收到文件，會依法辦理。不過總統府發言人陳以信指，總統馬英九對廉政會的不實指控，強烈遺憾，強調擔任台北市長時，所作所為都是依法行政，為台北市民福祉著想，從來沒有圖利，批評廉政會的決定是「先射箭再畫靶」及政治迫害。

廉政會公佈大巨蛋的調查報告，認定馬英九及李述德，曾與負責工程的遠雄集團董事長趙藤雄密會，達成協議，將市政府可獲得的權利金，削減至零；又修改契約條文，犧牲市庫權益，經濟上利益向發展商傾斜。身兼廉政會委員的律師鄭文龍指，遠雄自稱營運大巨蛋五十年營業額達二千八百億新台幣，估計市政府可權利金廿八億元，但市政府自行削去權利金，廉政會認為是重大違法圖利，檢察當局應主動偵辦。不過總統府就強調，馬英九並未與趙藤雄密會，亦無密約。