香港醫院藥劑師學會認為，水務處隨機於不同時間抽取水樣本，會令化驗結果不準確。學會指，食水停留於污染源頭時間越長，越易接觸污染物，認為水務處應在清晨抽水辦，而不應於早上或晚飯等高用水量時段抽樣，呼籲水務處公開抽水辦時間。
學會又指，水務處抽食水樣本後，以線及紙條作盛器標籤容易脫落，增加出錯風險。