台灣醫學雜誌《康健》，抽驗十九款在超市和市集買到的黑糖，發現全部含可致癌物「丙烯酰胺」。含量最高的是「黃金馬子手工高山黑糖」，每公斤含有2740微克，其次是「義峰食品黑糖」，以及「高仰三黑糖」，兩款黑糖的丙烯酰胺含量都超過每公斤一千六百微克。製作黑糖過程中，不斷烹煮和攪伴甘蔗汁，由於甘蔗汁中含有天門冬酰胺和單醣，加熱會產生丙烯酰胺。
根據本港食物安全中心資料，丙烯酰胺容易經腸胃吸收，分布到身體各組織，並迅速隨尿液排出。研究顯示，丙烯酰胺的毒性，主要損害動物神經系統，雄性動物生育能力下降，可導致基因突變。