南丫海難的事故調查委員會指，本港載客船隻安全的監管制度顯然存在嚴重問題，有必要作出制度上的改變。委員會認為，海事處應檢查和核實零七年前初次獲發證明書可運載超過一百名乘客船隻的水密分艙標準、規定載客超過十二人的渡輪或小輪安裝甚高頻無線電，駕駛室配備火箭式降落傘照明彈；而載客超過一百人的船隻，須加裝船舶自動識別系統、和避碰雷達。船隻在黑夜及能見度較低航行時，駕駛台應加派一名瞭望員當值；船長應至少每五年進行一次體檢和視力測試。另外，船上要為每名兒童備存救生衣，並應考慮提供嬰兒救生衣。委員會批評海事處有關兒童穿救生衣的政策並無文字記錄，只靠口耳相傳，亦無公布周知，做法完全不能接受，又認為海事處在九六年初次檢驗南丫四號時，信納甲板層座椅是妥為穩固令人費解，認為以鋁製鉚釘把座椅底座安裝在甲板上的做法，不可接受。

另外，委員會認為，海事處應規定驗船主任和驗船督察，以書面記錄更改船隻發牌條件的詳細理由，並以書面通知上司及相關船東以防治舞弊行為；而海事處應規定船上水密門須裝設警報器連接至駕駛室，以顯示水密門的開關狀況。委員會又建議委任一名獨立的合資格專業人士，擔任海事意外調查及船舶保安政策部的主管，專門負責調查海事意外， 不偏不倚直接向海事處處長匯報。