政府與港鐵同意修訂香港段高鐵工程的目標完工日期為2018年第三季，並同意將工程費修訂為844億二千萬，較港鐵六月底提出的少八億八千萬元。政府消息人士指，高鐵項目撥款必須由立法會撥款，即使港鐵想自行承擔超支金額也不可行，如果立法會拒絕批出追加撥款，政府並無他法，又指世界各地大型工程大多超支，問題只是超支多少。消息人士又指，如果港鐵股東會不通過有關補充委託協議，政府仍然會向立法會申請追加撥款，但封頂安排和特別股息將不能生效。而有關安排不會影響票價可加可減機制。
另外，截至今年九月底，港鐵收到852宗承建商申索，提出的金額為二百六十億一千萬元，當中130宗已解決，已發放十四億一千七百萬元。