政府與港鐵同意將香港段高鐵工程的目標完工日期，修訂為2018年第三季，並同意將工程費修訂為844億二千萬，較港鐵六月底提出的少八億八千萬元。政府消息人士指，高鐵項目撥款必須由立法會撥款，即使港鐵想自行承擔超支金額也不可行，如果立法會拒絕批出追加撥款，政府並無他法，又指世界各地大型工程大多超支，問題只是超支多少。消息人士又指，如果港鐵股東會不通過有關補充委託協議，政府仍然會向立法會申請追加撥款，但封頂安排和特別股息將不能生效。而有關安排不會影響票價可加可減機制。

港鐵消息人士表示，獨立董事委員會明年一月，會向獨立股東發通告，解釋財務安排；預料特別股東大會明年二月一日左右舉行，相信會早過立法會財委會批出撥款。消息人士又表示，根據委託協議，並無法律依據要港鐵支付超支費用，但因應工程進度，以及考慮到公眾質疑工程費用會否變成無底深潭，同意政府為工程費用封頂。消息人士指，工程完成後，若獨立仲裁員裁定港鐵作為項目管理人的責任，大於委託協議規定的管理費上限，港鐵會召開另一次特別股東大會，由獨立股東決定港鐵會否承擔額外的責任。