運輸及房屋局副局長邱誠武承認，廣深港高鐵立項時，估計一地兩檢未能在通車初期推行，曾經考慮過「兩地兩檢」方案，但強調目前政府全心希望做到「一地兩檢」。
立法會工務小組委員梁家騮在一個論壇上指，當年是以「兩地兩檢」計算效益，才贊成通過撥款，又指對內地執法人員在港執法有顧慮，因為內地和香港法律對人權保障有很大分別。他舉例，如果內地執法人員在西九高鐵總站，將疑犯行政拘留十四天，會很嚴重。