行政長官梁振英表示，廣深港高鐵香港段經濟效益非常明顯，本港為項目花了很多錢，不能簡單視為接駁近距離城市的鐵路，在一千公里以上的路程，高鐵的成本和經濟效益明顯。他有信心，在一國兩制、港人治港、高度自治下可以實施一地兩檢。運輸及房屋局副局長邱誠武承認，廣深港高鐵立項時，估計一地兩檢未能在通車初期推行，曾經考慮過「兩地兩檢」方案，但強調目前政府全心希望做到「一地兩檢」。

立法會交通事務委員會主席田北辰建議，政府考慮高鐵「一地兩檢」的後備方案，提出內地在深圳福田和龍華，設立出入境關卡的「兩地兩檢」方案，認為「兩地兩檢」仍可維持一定效益。田北辰又認為，高鐵超支比率約三成，與過去五年本港其他基建項目相若；他相信高鐵超支撥款在立法會財務委員會審議時的戰線，會是「一地兩檢」問題，不論什麼方案都會引發政治爭拗。