運輸以及房屋局提交立法會的文件指，高鐵香港段工程一旦爛尾，需要花費七百五十六億元善後，包括應付有關的申索及保護工程費用、政府亦需花一百零六億元完成餘下大部份道路工程，以及六百五十億元的委託費。局方又說，如果財委會在明年二月底前，未能通過高鐵的追加撥款，令工程需要暫停，港鐵評估每月需要為此花費為二億三千三百萬元，按合約最長可以停工一百八十日。
文件又指，日後如果項目重新招標，額外開支將達三百三十億。另外，以最新的數據估算，估計高鐵五十年營運期的效益為九百億元。