政府估算高鐵香港段的最新經濟回報率為百分之四，較零九年估算的百分之六下調，主要是因為造價上升，以及珠江三角洲人口和經濟增長放緩。政府強調，數字只是片面和保守的估算，未計及其他難以量化的間接經濟和社會效益。運輸及房屋局提交立法會的文件又指，工程一旦爛尾，政府要承擔七百五十六億元費用，包括之前批予港鐵的六百五十億元委託費將會白費，以及一百零六億元善後費用，例如相關申索及保護工程費用、以及要完成餘下大部份道路工程的費用。如項目要重新招標，額外總開支將達三百三十億。
立法會交通事務委員會主席田北辰認為，如果再拖延撥款，相關開支可能更巨大。委員之一、民主黨胡志偉批評，政府的數字是要威嚇社會，認為在經濟回報率下跌，加上一地兩檢問題未解決下，不會支持追加撥款。