在台灣，總統馬英九致電恭賀民進黨主席蔡英文，在大選勝出，並提出希望任命獲得多數立委支持的人選，出任行政院長，避免政務停頓、政府空轉，他邀請蔡英文到總統府商議。總統府發言人說，馬英九又向蔡英文表達期盼，希望新一屆政府能夠繼續維持台海和平繁榮的現狀。馬英九亦致電國民黨主席朱立倫，表示慰問，強調國民黨最艱難時刻，大家要共同承擔，繼續奮鬥。
行政院長毛治國晚上向馬英九提出辭職，不接受慰留，並會在最短時間內率領內閣完成總辭程序，他表示，新立法院多數黨已經出現，由現在到五月二十日新總統上任，有長達四個月的過渡期，為了避免在當前全球政經情勢極為嚴峻的關鍵時刻，因政黨輪替令行政院無法進行重大決策，因此決定請辭。