日本首相安倍晉三早上在參議院預算委員會上，祝賀蔡英文當選台灣的新總統，指是台灣自由與民主的證明。他又說，台灣的日本的老朋友，日方期待積極推進日本與台灣的合作交流。內閣官房長官菅義偉，亦祝賀蔡英文當選，又指歡迎台灣有意加入跨太平洋伙伴關係協定(TPP)，認為有助地區穩定繁榮。
蔡英文去年秋天在安倍親弟岸信夫安排下，訪問日本，專程到安倍的故鄉山口縣訪問。當時有消息指，安倍在首相官邸附近一間酒店，與蔡英文會面。