今次立法會新界東補選，點票工作用了約五小時，在清晨四時三十分全部完成。雖然大部分票站在三時半已經點完票，但在馬鞍山頌安邨陳震夏中學的票站，有一個票箱因遺失鎖匙未能開啟。票站人員一度計劃自行打開票箱，引起在場公眾鼓譟，數十名警員接報到場，圍著點票區。票站主任其後取得律政司意見，用大鉗剪開鎖頭，強行打開票箱，擾攘到凌晨二時許才開始點票。
選管會主席馮驊表示，有關票箱一直留在票站內，有警員看守，無被干擾痕跡，任何人如有質疑可提出選舉呈請，但他相信今次的處理合符規定，稍後會調查事件。他又認為今次補選的投票與點票過程暢順，滿意整體安排。