環保署表示，十分重視屯門望后石谷修復堆填區，承辦商懷疑涉及不當操作的事件，會全面調查。承辨商已確認，曾於短暫時間，未能完全達到修復工程合約中，對堆填氣體燃燒溫度達攝氏一千度的最低要求，署方正根據合約，向承辦商徵收違規罰款。環保署亦要求承辦商安排顧問工程專家，詳細評估在較低燃燒溫度下，對消除堆填氣體污染物的影響，同時會安排獨立專家分析。
署方表示，污水處理設施在攝氏一百度以下，已可達致分解游離氨氮的效果，令經處理後的污水，總氮值降至合乎法例的污水排放標準。因此，即使堆填氣體燃燒設施的溫度稍低，並不會影響污水處理設施的操作。