環保署表示，屯門望后石谷修復堆填區的承辦商，承認曾未能完全達到合約中，對堆填氣體燃燒溫度達攝氏一千度的最低要求，署方正向承辦商徵收違規罰款，並要求安排顧問工程專家，詳細評估做法對消除堆填氣體污染物的影響，署方亦會安排獨立專家分析。環保署強調十分重視事件，署長已要求調查團隊再深入調查，兩個月內提交初步報告。署方指，攝氏一百度以下已可分解游離有毒物「氨氮」，即「阿摩尼亞」，因此燃燒溫度稍低不會影響污水處理設施操作。

環保署指，屯門望后石谷修復堆填區的滲濾污水，經承辦商的污水處理設施燃燒後，排放到渠務署的污水處理廠，與生活污水一同消毒後，經深海管道排出大海。署方指，附近海水監測站從一四年至今年二月的水質數據未見異常；今年多次巡查亦未發現污水直接排進河道的情況，抽驗的水樣本未有違反排放標準。