運輸及房屋局表示，有關廣深港高鐵由廣州車務控制中心統一調度兩地高鐵列車的報道，並不正確。發言人澄清，按現時規劃，廣深港高鐵將來以協議模式營運，本港及內地負責各自路段的列車調度。各自的調度中心有需要時，會就兩地列車營運及調度安排進行溝通，即使遇上緊急情況，內地的調度中心亦無權在高鐵香港段管轄範圍內停止列車運作。
發言人又指，廣深港高鐵包括香港段的訊號系統，採用「軌道電路傳輸訊號」及「無綫電傳輸訊號」規格的雙系統設計，提供雙重故障防禦，以達致高鐵香港段及內地段的無縫連接和安全營運。